Файлы с символом ~ в конце имени (например, example.txt~) — это создаваемые автоматически страховочные копии документов, открытых в текстовом редакторе gedit или других приложениях. Их можно удалить, но не будет никакого вреда, если вы оставите их на компьютере.

Эти файлы по умолчанию скрыты. Если вы их видите, значит вы либо выбрали Показывать скрытые файлы (в главном меню приложения Файлы на боковой панели), либо нажали Ctrl+H. Чтобы снова скрыть эти файлы, повторите одно из указанных действий.

С этими файлами можно обращаться точно так же, как и с обычными скрытыми файлами. О работе со скрытыми файлами смотрите Скрытие файла.