Файлы с символом ~ в конце имени (например, example.txt~) — это создаваемые автоматически страховочные копии документов, открытых в текстовом редакторе gedit или других приложениях. Их можно удалить, но не будет никакого вреда, если вы оставите их на компьютере.

These files are hidden by default. If you are seeing them, that is because you either selected Show Hidden Files (in the main menu of the Files sidebar) or pressed Ctrl+H. You can hide them again by repeating either of these steps.

С этими файлами можно обращаться точно так же, как и с обычными скрытыми файлами. О работе со скрытыми файлами смотрите Скрытие файла.